Die Ursache für die meisten angeborenen Herzfehler liegt in einer embryonalen Fehlentwicklung der Organe. Warum sich in diesem Stadium ein Herzfehler entwickelt, konnten Mediziner bislang nicht eindeutig klären.
Leiden werdende Mütter jedoch unter Krankheiten (zum Beispiel Diabetes mellitus, Röteln, Herpes oder andere Infektionen), ist die Gefahr eines Herzfehlers beim Ungeborenen größer als bei gesunden Schwangeren. Auch Alkohol-, Drogen- und Tabakkonsum, schädliche Umwelteinflüsse oder Medikamenteneinnahme können Herzfehler begünstigen.
Genetisch bedingte Erkrankungen in Kombination mit angeborenen Herzfehlern. Bei genetisch bedingten Erkrankungen (zum Beispiel dem Down-Syndrom) treten häufig angeborene Herzfehler auf.